公司改变薪酬结构时员工不同意，以下特殊情况会影响处理结果：
1. 公司愿调整制度：若公司在员工提出异议后重新协商并合理调整，可避免仲裁或诉讼，节省维权成本并维护劳动关系。
2. 员工接受替代补偿：如公司提供调岗、奖金补偿等方案，员工接受后视为双方就薪酬变更达成一致，影响后续主张原结构的权利。
3. 涉及集体合同或工会协商：若薪酬结构变更属集体调整，需经工会或职工代表大会讨论通过，否则可能被认定程序违法，影响调整效力。
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公司改变薪酬结构员工不同意，可通过协商或法律途径解决，处理方式如下：
1. 若调整合法且协商一致，员工需接受，但公司应提供充分说明和合理理由。
2. 若调整违反劳动合同约定或未协商一致，员工有权拒绝并依法维权。
3. 公司单方面强制变更，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
4. 员工已签署调整协议的，需依协议判断是否有效变更，再决定后续处理。
5. 公司以调岗、降薪等方式变相逼迫员工接受，可能构成违法解除，员工可依法主张赔偿。
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公司改变薪酬结构不同意时，需注意以下法律风险：
1. 诉讼时效风险：劳动争议仲裁时效为一年，若员工超过一年才提出异议，可能丧失胜诉权。
例如：某员工被单方面降薪后6个月未提异议，一年后申请仲裁，法院可能以超时效为由不予受理。
2. 证据链风险：缺乏书面证据或沟通记录，维权时难以证明公司未协商一致。
例如：员工仅口头反对，公司否认沟通内容，员工难以举证证明曾明确反对薪酬调整。
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公司改变薪酬结构员工不同意，可依据《劳动合同法》第三十五条主张权利。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条规定：“用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。”
因此，若公司单方面调整薪酬结构且未与员工协商一致，该变更不具法律效力。员工不同意调整时，公司不得强制执行，否则可能构成违法变更劳动合同内容。
员工可依据该法条要求恢复原薪酬结构，或主张因违法变更导致的损失赔偿。若公司以降薪、调岗等方式迫使员工接受调整，员工还可依法主张违法解除劳动合同的赔偿。
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